در سال ۱۳۷۹، از ادغام «سازمان امور اداری و استخدامی کشور» با «سازمان برنامه و بودجه»، سازمانی با نام «سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی» تأسیس شد. 7 سال بعد نیز با مصوبه شوراي‌عالي اداري، «سازمان مديريت و برنامه‌ريزي كشور» در 18 تیر 1386 منحل و به دو معاونت رئیس‌جمهور با نام‌های «برنامه‌ريزي و نظارت راهبردي» و «توسعه مديريت و سرمايه انساني» تبديل شد که معاونت توسعه مدیریت و سرمایه انسانی، وظایف سابق «سازمان امور اداری و استخدامی کشور» را برعهده گرفت. در سال ۱۳۹۳ این دو معاونت با هم ادغام شدند و برای بار دوم «سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی» شکل گرفت؛ اما دو سال بعد، این سازمان دوباره منحل شد و سازمان‌های «برنامه و بودجه» و «اداری و استخدامی کشور» تفکیک شدند.